Rasa ogólnie uważana za zdrową. Średnie życie Appenzellerów wynosi 11-13 lat. Zdarzają się osobniki starsze niż 16 lat. Appenaeller to najdłużej żyjąca ze wszystkich 4 ras psów szwajcarskich. Zmienność genetyczna rasy jest bardzo ograniczona, powodując zwiększoną podatność i możliwość wystąpienia wad rozwojowych o podłożu genetycznym.
W rasie wystąpić mogą wymienione poniżej genetyczne wady rozwojowe:
Dlatego zaleca się uzyskanie od hodowcy obszernych informacji na temat zwierząt rodzicielskich, najlepiej potwierdzonych badaniami. Ostatnio zwrócono również uwagę na problemy z zębami i zgryzem. Zaczął występować przodozgryz, wady i braki zębów a także przypadki nowotworów jąder. Możliwość wystąpienia danej wady 1 przypadek na 200 osobników tak mówią statystyki. Lista wad jest całkiem spora co może zniechęcić potencjalnego nabywcę, aczkolwiek większość są to wady ogólnie występujące u psów. Na tle innych ras i ich możliwości chorobowych appenzeller wypada jako zdrowa rasa. Decydując się na posiadanie appenzellera z uprawnieniami hodowlanymi ZkwP wymaga badań rtg stawów biodrowych (HD) i łokciowych (ED) a także wpisu ich wyników do rodowodu. Badania te wykonywane są w pełnym znieczuleniu co warto wykorzystać. Wykonując na jednym znieczuleniu dodatkowe badania stawów barkowych (SD) głównie w celu wykluczenia choroby OCD (Osteochondroza-martwica chrzęstno-kostna) i nawykowe wypadanie rzepki kolanowej (PL) (patellar luxation), LTV- lumbosacral transitional vertebra- nie prawidłowa liczba i budowa przejściowych kręgów lędźwiowokrzyżowych, czy wykluczenie zrostów kręgów kręgosłupa.
w Polsce